Примара в обладунках: Автономний комплекс

2034 рік. Мотоко Кусанагі покинула 9-ий відділ, який за цей час розрісся до команди з 20 польових оперативників на чолі з Тогусою. Співробітники 9 відділу стикаються з декількома дивними випадками, які призводять їх до головного підозрюваного, висококласного хакера Кукловода.

Під час розслідування шляхи Бато та Мотоко перетинаються. Вона попереджає його не наближатися до Співтовариства Міцної Держави. Як з'ясувалося потім це суспільство було створено для використання ментальних ресурсів людей похилого віку підключених до охорони здоров'я системи спостереження, яка підтримувала їх життя поки вони не помруть природною смертю. Також підключені до системи могли піклуватися про сирот або дітей з неблагополучних сімей, знаходячи сенс для життя і заповідаючи цим дітям своє майно після смерті. Однак, дітей стали викрадати, щоб зробити частиною системи. Офіційні особи нічого не підозрювали про це. За всім цим і стояв Ляльковод, який створив інфраструктуру викрадення дітей та промивання мізків їм та їхнім батькам.