Напередодні Третього Удару всі пілоти, які б'ються з Ангелами у своїх Євангеліонах, пережили чимало потрясінь і змушені були йти на відчайдушні кроки. Унаслідок подій попередньої частини перезапуску "Євангеліона" Шінджі зі своєю Євою-01 опиняється на навколоземній орбіті, звідки його рятують і доправляють на поверхню Землі Аска та Марі - пілоти другого та восьмого Євангеліонів.
Витягнувши Шінджі з Єви-01 і привівши його до тями, незнайомці наділи на нього дивний нашийник - пристрій, який знищить Шінджі, якщо він спробує пробудити Єву-01. І на цьому дивацтва не закінчуються. У натовпі невідомих йому людей Шінджі бачить Місато й Аску, але вони, схоже, не хочуть мати з ним нічого спільного. Намагаючись дізнатися, що відбувається, Шінджі дуже скоро отримує відповіді, які приводять його в жах і змушують засумніватися у своєму розумі. Якщо вірити оточуючим, Шінджі провів без свідомості чотирнадцять років, і тільки завдяки якомусь "прокляттю Єви" ні він, ні його бойові товариші за цей час не постаріли ні на день.