Абсолютна багатоцільова гуманоїдна зброя людства та штучна людина Євангеліон стояли на варті державної безпеки. Починається підготовка до операції, у межах якої відбувається перевірка координат судна. На борту стояла дівчина, яка мріяла побачити Місто Квітів. А інші члени екіпажу старанно працювали над кодами, що вводяться в комп'ютери, щоб активувати «Систему Анти-Ел». Один із членів вважав, що повторення з 4-го етапу точно спрацює і все це завдяки старанням попередників. Випробування приладу, що дозволяє усунути супротивника, пройшло успішно. Екіпажу доводиться зіткнутися із планом заступника командира Фуюцукі, який намірився випробувати їх. 4444С повністю затих. Система була готова до запуску. Територія Парижа почала відновлюватись. Далі слід зайнятися новим Модулем 02. Він був рано пошкоджений, і його можна було відбудувати заново, а потім поєднати з 08, модифікації. Радіти раніше не слід, оскільки наближалося те, що могло покласти край Євангеліону. Проект «Інструментальність» привели в рух, і планета мала залучитися до серйозного бою.