В одному з міст Японії, де життя тече стрімко і благополучно, зникло все населення міста. Знайти причину того, що сталося, ніхто не може, після детального аналізу місту просто присвоїли статус зниклого. Уряд намагається приховати цю подію, але випадок такого масштабу неможливо приховувати вічно. З кожним днем запитань у народу все більше і більше, а відповіді ніхто давати не поспішає. Незабаром розслідувати зникнення міста візьмуться ті, хто зустрілися зовсім випадково. Хлопець на ім'я Такуя - кур'єр, який надає свої послуги урядовому дослідницькому центру. Такуя знайомиться з Юкі, яка є мешканкою того міста, що зникло за незрозумілих обставин. З незрозумілих причин Юкі не зникла з усіма іншими жителями. До всього іншого дівчина пов'язує зникнення свого міста з посланням, яке їй залишив батько. Незабаром Такуя і Юкі приймають рішення уважно оглянути ті місця, де раніше розташовувалося зникле місто. Хлопці бачать реальних привидів, які блукають пустельною територією. Також новоявленим напарникам доведеться зіткнутися з небезпечною таємною організацією, щоб знайти відповіді на свої запитання.