Люди давно перестали обмежувати себе лише територіями Землі, і космічні колонії не здаються чимось фантастичним. Однак не можна сказати, що після цього людство набуло спокою. Навпаки, підкорення нових куточків Всесвіту стає черговим приводом для початку воєн за владу та вплив. Щоправда, тепер вони ведуться на галактичному рівні. Технології не стоять на місці — у битвах беруть участь мобільні воїни під керівництвом пілотів, і люди намагаються знайти спосіб перемогти противника за допомогою величезних людиноподібних машин. Наразі протистояння набирає обертів, і пілоти отримують важливе завдання — розібратися із ситуацією на Алегрансі, найпівнічнішому з Канарських островів, де розташувався загін спеціального призначення противника. Молодшому лейтенанту Амуро Рею доручають пілотувати мобільний воїн Гандам, якому настав час припиняти бути лише прототипом. Разом з іншими солдатами Амуро вирушає на Алегрансу, проте події практично одразу починають йти не за планом. Прибувши на острів, військові виявляють, що там перебувають діти, котрі закидають їх корабель камінням. Солдати втрачають зв'язок з Реєм, що спустився на поверхню, і їм доводиться відлітати без нього. А сам Амуро залишається на Алегрансі, де на нього чекає безліч несподіваних відкриттів.