Минуло вже багато років після того, як людям Ікс довелося стати проти роботів, які знищували Всесвіт. Тоді людям із надприродними здібностями вдалося здолати ворога, але на цьому війна не закінчилася. Після того, що сталося, команда людей Ікс розпалася, і всі вони розбрелися світом - хто куди. Довгий час вони не зустрічалися і не знали про долю один одного. Люди Ікс намагалися налагодити своє життя серед звичайних людей, приховуючи свої здібності. Але одного разу вони змушені були зібратися знову. Головні герої дізнаються у тому, що у одному з японських островів відбувається щось, що може зруйнувати весь світ. Ця звістка стає причиною об'єднання команди людей Ікс, яким тепер слід згадати колишні подвиги, і знову вступити в бій. Одну з мутанток на ім'я Хісако викрадають та тримають на цьому острові. Герої дізнаються, що це початок великої змови проти всього людства, а значить, людей дуже скоро знищуватимуть. Допустити цього люди Ікс не можуть. Для них немає нічого неможливого, люди з надприродними здібностями здатні стає невидимими, бігати швидше за гепард, проходити крізь стіни та літати. Всі ці навички допоможуть людям Ікс у боротьбі з новим, невідомим раніше ворогом.