Дія відбувається через рік після подій першого сезону. Піднятий Зеро бунт, який одержав назву «Чорне повстання», був пригнічений. Багато його учасників захоплено, сам Зеро зник і визнаний мертвим. Щоб у майбутньому не допустити подібних заворушень, до «одинадцятих» почали застосовувати виправний режим правління. Лелуш Ламперуж веде життя простого студента і, схоже, не пам'ятає про своє минуле. Крім того, замість сестри у нього з'явився брат Ролло Ламперуж. Залишки Ордену Чорних Лицарів проводять операцію, під час якої С. С. виходить на контакт із Лелушем і повертає йому пам'ять. Пізніше з'ясовується, що його спогади були переписані за допомогою гіас його батьком, британським імператором, щоб знайти С. С., Нанналлі викрадена, а Ролло є агентом, готовим у будь-який момент убити Лелуша. Незважаючи на всі ці обставини, Лелуш знову стає Зеро і продовжує боротьбу з Британією, а згодом і з усім світом.