До 2039 року сталася глобальна катастрофа, яка раз і назавжди змінила людство. Це була не екологічна катастрофа, не чергова Світова війна і не епідемія - ні, сталося те, чого ніхто не міг передбачити. Нібито нізвідки з'явився так званий "Примарний Флот" - озброєний до зубів невідомий супротивник, який перекрив людям вихід до морів і океанів і відключив усі види зв'язку. Спроби флоту Об'єднаних Країн дати відсіч ворогові закінчилися нищівною поразкою.
Минуло п'ятнадцять років, і у людей з'явився шанс на порятунок. Одна з субмарин "Примарного флоту" була захоплена людьми, але будь-які спроби вивчити її закінчувалися невдачею. Усе змінилося, коли Гундзо Тиха, юний кадет військово-морської академії, вступив у контакт із субмариною і завоював симпатію Іони - штучного інтелекту, який має людську форму і керує судном. Два роки потому Іона, яка перейшла на бік людей, Гундзо Тиха і його друзі б'ються з "Примарним флотом" і відбивають його атаки, потроху наближаючи день, коли людство звільниться від кайданів.