Сімнадцятирічний Сін'їті Кудо обожнює детективи і бере участь у справжніх розслідуваннях. Хлопець звик уважно дивитися по сторонах і навіть під час прогулянки з чарівною Ран Морі не втрачає пильності. Сін'їті помічає поблизу підозрілих чоловіків і вирішує з'ясувати, чим вони займаються. Помітивши стеження, чоловіки, які виявилися членами злочинної Чорної організації, викрадають Кудо і намагаються вбити його за допомогою експериментальної пігулки. Смертельні ліки призводять до несподіваного результату - Сін'їті перетворюється на хлопчика семи років. Кудо вдається вижити, але хлопець виявляється замкнений у тілі дитини. Він звертається по допомогу до свого друга-професора, але навіть геніальний Агаса не може зрозуміти, як допомогти Сін'їті. Ран, яка теж завітала до професора, не впізнає в маленькій дитині Кудо, а сам невдаха-детектив представляється їй Конаном Едогавою, щоб не викликати зайвих запитань. Добра дівчина погоджується дати притулок дитині, і Кудо оселяється разом із сім'єю Морі. Навіть перебуваючи в такому небезпечному становищі, Сін'їті не готовий залишити розслідування. Заручившись підтримкою батька Ран, який раніше працював поліцейським, і геніального професора, Кудо вирішує оголосити війну всім злочинцям Японії, а заодно повернути собі колишню зовнішність. І головною його метою стає Чорна організація.