Історія починається з того, як хлопчик на ім'я Такуя отримує на свій телефон загадкове повідомлення. Прочитавши його, хлопчина вирушає на станцію, зазначену в тексті. Прибувши на місце, Такуя потрапляє в дуже дивне місце, де повнісінько дітей і поїздів. Сівши на один із них, хлопчик, разом із ще чотирма людьми, вирушає в Цифровий світ, який їм належить врятувати. Дорогою вони повинні будуть знайти духів, за допомогою яких друзі зможуть перетворюватися на легендарних дігімонів. Однак вороги вже знають про те, що вони прибули, і найголовніший із них - Керубімон - готовий піти на все, аби не дозволити їм знайти духів.