Чотирнадцятирічна Мадока Канаме практично нічим не відрізняється від інших японських школярок. Вона живе в благополучній родині з батьками, позбавленими забобонів і готовими підтримати будь-яке її рішення, і молодшим братиком. Оточена вірними друзями, Мадока звикла до спокійного і щасливого життя. У ньому є місце і для смутку, і для печалі, але дівчина поки що не стикалася з по-справжньому серйозними проблемами. Одного разу в класі, де навчається Канаме, з'являється нова учениця - темноволоса Хомура Акемі. Мадока з жахом впізнає в ній головну героїню своїх жахливих снів - у них Хомура б'ється з моторошними монстрами, немов прибулими з іншого всесвіту. Знайомство з новенькою кардинальним чином змінює життя Мадоки. Спочатку Акемі не розкриває своїх секретів, але незабаром Канаме дізнається страшну правду про нову ученицю, яка виявилася чарівницею. Заради порятунку найкращої подруги Хомура уклала угоду із загадковим Кюбеєм, здатним виконати будь-яке бажання. Робить він це зовсім не з альтруїстичних міркувань - кожна дівчина, яка погодилася на його умови, стає чарівницею, якій судилося вступити в сутичку зі злісними відьмами з паралельних всесвітів. Мадока несподівано стає частиною цього містичного світу, і тепер лише Хомура утримує її від укладення контракту з Кюбеєм.