Унаслідок нападу невідомих загарбників усе людство загинуло, залишилася неушкодженою тільки відносно невелика територія з центром у Токіо, виїхати за межі якої неможливо. Учням кажуть у школі, що все населення планети становить тепер не більш як 23 мільйони людей. Одного ранку дорогою до школи Каміна Аято стає свідком початку війни - сили самооборони відбивають напад невідомого ворога, застосовуючи небачену зброю, що має вигляд велетенських істот або роботів гуманоїдного типу - долемів. Про школу можна вже забути - набагато важливіше просто вижити й допомогти друзям. Через деякий час Аято зустрічає молоду жінку - Харуку Сіто. Разом вони залишають Токіо, використовуючи РаЗефона - гіганта того ж типу, що використовувалися для відбиття нападу. З'ясовується, що Аято, єдиний хто може керувати РаЗефоном, який до цього призначався його матері. Опинившись за межами Токіо, Аято дізнається правду: Земля не зруйнована, і людство продовжує існувати, але деякий час тому раса істот Мюліан напала на людей. Після нападу Токіо був накритий непроникним енергетичним куполом радіусом близько 30 миль. Ззовні купол дуже схожий на поверхню Юпітера, через що захоплена область отримала найменування "Токіо Юпітер". Люди, що залишилися під куполом, повністю ізольовані від зовнішнього світу, і час там тече в 6 разів повільніше, ніж у зовнішньому світі.