Для того, щоб боротися з тероризмом і насильством у Тихоокеанському регіоні, в післявоєнній Японії було створено особливе агентство. Його співробітниками стають професійні вбивці - ніндзя, чиє початкове завдання полягало в тому, щоб забезпечувати безпеку в країні і охороняти спокій мирних жителів. Минає кілька десятиліть. За цей час агентство зміцнило свої позиції і розрослося настільки, що зараз під його керівництвом перебувають 20 тисяч професійних ніндзя, зокрема й 17-річний старшокласник Куро Кумогакуре. Усі вони постійно тренуються для того, щоб розв'язувати різні питання, пов'язані як із внутрішньою, так і з зовнішньою політикою Японії. Перед Куро теж стоїть важливе завдання - молодій людині належить протистояти іноземним убивцям, яким вдалося проникнути в Токіо. Стати останньою лінією оборони в 17 років - це неймовірний успіх, і Кумогакуре не може повірити своєму щастю. Однак його шлях в організації буде вельми тернистим, адже молодій людині дуже бракує впевненості в собі. Крім того, поєднувати роботу в агентстві зі звичним життям старшокласника куди складніше, ніж може здатися на перший погляд.