У 2035 році японські вчені проводили наукові дослідження, в результаті яких вийшла з під контролю штучна форма життя під назвою Матерія. По всій ущелині Куробе поширилися шкідливі організми, а місто, яке раніше подавало надії всьому людству, довелося взяти в оточення. Влада ухвалила негайне рішення закрити доступ до міста, щоб уникнути поширення штучних організмів. Через два роки одна з мешканок закритого міста Айко Тачібана, чиї батьки брали безпосередню участь у розробках і загинули під час вибуху, дізнається страшну правду про подробиці трагедії від свого однокласника Юї Канзакі. Щоб розібратися у всіх загадках події, вони, заручившись підтримкою команди дайверів, вирушили в точку відліку - епіцентр вибуху.