Легенди свідчать про існування таємничого острова Лапута, на якому можна відшукати скарби і велику силу, здатну зробити будь-яку людину непереможною. Виявити його під силу тільки власникові незвичайного кристала - Літаючого каменю, за яким ось уже багато десятиліть полюють авантюристи, злочинці і навіть уряд. Кристал знаходиться у Сіти - дівчинки, що живе в маленькому гірському селі. Рано осиротівши, вона отримала Літаючий камінь у спадок і тривалий час не усвідомлювала його справжньої цінності. Сіта завжди носить кристал із собою як фамільний талісман, оскільки дівчинці хочеться вірити, що камінь приносить їй удачу. Дізнавшись, де знаходиться легендарний кристал, агенти секретної державної служби викрадають Сіту. Однак їхнім планам не судилося збутися - на дирижабль, на якому вони перевозять дівчинку, нападають повітряні пірати, які теж мріють роздобути кристал. Сіту захищає чарівна сила Летючого каменю, тому їй вдається не тільки вижити, а й сховатися від зловмисників. Дівчинку, що впала з величезної висоти, виявляє її ровесник - юний шахтар Пазу. Його зниклому безвісти батькові колись вдалося сфотографувати замок Лапута, і хлопчик сподівається теж колись побачити його. Полювання за Сітою триває, і Пазу вирішує допомогти їй сховатися від переслідувачів.