Кілька століть тому людство зіткнулося з інопланетною загрозою, що знищила всю Сонячну систему, і змушене було тікати на "кораблі-насінні", щоб знайти новий дім. Корабель цей, що дрейфує в космосі, називається "Сидонією" і захищається силами численних капітанів, які охороняють його від так званих гаун. Не так давно одним із таких капітанів став і Таніказе Цутому - молодий хлопець, який усе своє життя провів у глибинах корабля.
Для Таніказе вступ до лав кадетів і початок служби як захисника "Сидонії" відкрив цілий новий світ, нехай і укладений у корпусі гігантського зорельота. Вбудованого приладу, що здійснює фотосинтез, у Таніказе немає, правила поведінки в суспільстві йому часто незнайомі, а знайомство з одним із представників середньої статі, що з'явився не так давно, і зовсім поставило в глухий кут. Втім, Таніказе, який дивує оточуючих непомірним апетитом і незнанням елементарних речей, теж не такий простий, як може здатися під час першого знайомства, і робота захисника людської раси йому чудово підходить.